Membre fondatrice, en 1961, du mouvement Fluxus, Alison Knowles abandonne la peinture sur écran de soie dès la fin des années 1950, lorsqu’elle se lie avec John Cage au sein de la New York Mycological Society, pour se tourner vers l’event, cette forme de performance courte théorisée par George Brecht. De 1960 à 1990, elle invente ainsi des scores (« partitions »), canevas sur lesquels sont improvisées les actions réalisées lors des nombreux festivals Fluxus orchestrés par George Maciunas. Elle réalise aussi des objets Fluxus, parodies d’objets manufacturés, et des installations, qui, comme le système même des scores composés en instructions verbales, marquent une réflexion sur le langage selon des modes inusités – un langage ni fonctionnaliste ni poétique au sens traditionnel du terme. Elle prolonge également la thématique du « book object », lancée en 1963 avec G. Maciunas : en 1967, elle réalise ainsi The Big Book, une installation sous forme de livre que le spectateur peut manipuler et qui contient un four, un téléphone, des W.-C. chimiques, une galerie d’art : un livre qui confond l’art et la vie.

Si le langage peut se faire objet plastique, il peut aussi à l’inverse devenir immatériel et musical. Durant la même année, le poème « The House of Dust », réalisé avec le musicien James Tenney, est généré aléatoirement par ordinateur et diffusé dans une installation en fibre de verre, dont l’artiste fera usage dans son enseignement à CalArts (California Institute of the Arts) en 1970-1972. Elle développe ainsi un travail sur la musique et le son. En 2003, elle réalise plusieurs « instruments en papier » qu’elle actionne lors de performances. Elle a également publié de nombreux livres qui évoquent sa pratique artistique.