Ene-Liis Semper devient une figure marquante de la scène culturelle estonienne dès ses études de scénographie à l’Institut des beaux-arts d’Estonie (1989-1995). Elle s’initie à la performance avec son compagnon de l’époque, Raoul Kurvitz, fondateur du groupe de jeunes artistes Rühm T [Groupe T]. Après la disparition du système répressif soviétique, elle découvre les nouvelles possibilités d’expression artistique offertes par la société de consommation, telles les médias de masse, où elle joue avec des identités changeantes. Elle commence à utiliser la vidéo dès que ce média devient accessible en Estonie, pour mettre en scène sa propre personne à travers des actions souvent physiquement éprouvantes (Lakutud Ruum [pièce léchée], 2000-2002 ; Oaas [oasis], 1999). Ses vidéos ne sont pas de simples documentations de performances. Elle saisit l’essence du médium, comme dans FF/REW (1998), où elle exploite une propriété technique de la vidéo qui permet de rompre la linéarité narrative, pour rendre visible l’obsession du suicide, questionnant aussi d’une manière troublante ce qui, dans cette obsession, relève du spectacle et ce qui relève de la réalité. La vidéo lui permet d’explorer l’intimité pour s’intéresser, par exemple, à l’émotion liée au pouvoir (Tugevama õigusega [le droit du plus fort], 1998) ou aux situations limites auxquelles l’être humain est confronté (Fundamental, 1997).

Ses œuvres sont basées sur une expérience physique qui dévoile la complexité psychologique. Elles fascinent par leur simplicité formelle et l’universalité des thèmes abordés, mais leur sens reste aussi insaisissable et ouvert à l’interprétation que leur effet émotionnel, qui oscille entre angoisse et rire. En 2001, l’artiste représente l’Estonie à la biennale de Venise. Sa vidéo FF/REW (1998) y est sélectionnée par le commissaire Harald Szeemann pour l’exposition internationale Plateau de l’Humanité. Depuis 2005, son œuvre est étroitement liée au théâtre. Avec son compagnon, le metteur en scène Tiit Ojasoo, elle fonde la compagnie NO99, pour laquelle elle crée des mises en scène et réalise des scénographies intégrant souvent la vidéo. Dans leurs créations engagées, qui abordent les sujets brûlants de la société estonienne (Nafta [pétrole] ; ГЭП ehk Garjatšije estonskije parni [ГЭП ou les mecs estoniens chauds] ; Kuidas selgitada pilte surnud jänesele [comment expliquer des tableaux à un lièvre mort] ; Ühtne Eesti Suurkogu [congrès général de l’Estonie unie], ils expérimentent de nouvelles formes scéniques qui sortent de l’espace traditionnel du théâtre.