Le père d’Annette Messager lui fait découvrir l’art ancien et religieux ainsi que l’art brut de Dubuffet. Cet intérêt pour un art populaire et artisanal, pour la folie et l’enfance, restera une constante, tout comme elle gardera les influences de Goya, d’Ensor, de Soutine ou de Bacon, qui présentent des figures grotesques de la condition humaine. En 1962, elle intègre l’École nationale supérieure des arts décoratifs de Paris. Ses premiers travaux sont des boîtes en forme de maison, inspirées du surréalisme et de Louise Nevelson. Si l’influence de Claes Oldenburg et de ses Stores est flagrante, l’ironie porte spécifiquement sur la figure de la femme comme mythe social. Elle réalise ainsi 56 pseudo-albums privés, adoptant différentes personnalités : celle d’une midinette (Le Mariage de M^lle Annette Messager, 1971), celle de la « femme pratique » (Mes travaux d’aiguille, 1973, musée de Grenoble). Pratiquant une forme d’autofiction flagrante, elle déconstruit à la fois les catégories de « femme » et d’« artiste ». L’acte artistique est souvent réduit à un recopiage obsessionnel ou à une ironique broderie, comme Ma collection de proverbes (1974), anthologie des idées reçues sur les femmes.

Dans les années 1980, l’artiste déploie encore davantage son travail dans l’espace et approfondit sa réflexion sur le signe linguistique, tout en utilisant la structure bidimensionnelle du tableau. Les œuvres sont réalisées à partir de photographies représentant des parties du corps, agrandies puis découpées, et retouchées ensuite à la peinture acrylique et à l’huile pour certaines, rehaussées au fusain, à l’acrylique et à l’aquarelle pour d’autres. La délicatesse du dessin masque la violence de cette « partialisation » du corps. En 1989, le musée de Peinture et de Sculpture de Grenoble la consacre par une première rétrospective. Les années 1990-2000 sont marquées par un tournant affirmé vers la sculpture et l’installation. La question de la femme est toujours sous-jacente : l’artiste adopte la figure de la sorcière. Si Histoire des robes (1990) apparaît comme une déploration portant sur l’anonymat des femmes, la plupart des œuvres créées au cours de ces décennies soumettent gants, peluches et animaux empaillés à des situations violentes, sous couvert d’un univers enfantin et onirique. Dans d’autres créations, A. Messager intègre ces deux êtres ambigus que sont le traversin, corps endormi, et Pinocchio, la marionnette de bois douée de vie et traînée dans d’étranges et effrayants univers qui témoignent de la vanité de l’innocence et de l’interpénétration du bien et du mal dans notre rapport au corps et au langage.