Tout au long de sa vie, Margarita Paksa mêle engagement politique et expérimentations dans divers médiums. Au moyen de matériaux comme le néon, le fer, le plastique, la vidéo ou les ordinateurs, elle aborde les thèmes de la censure, des violences exercées contre les femmes ou des effets du néolibéralisme, et défend les causes de l’éducation artistique, de la liberté politique et de l’écologie.
Le thème de la violence apparaît précocement chez M. Paksa, dans des sculptures comme La Garra [La Griffe, 1952] ou Agresión [Agression, 1962]. Dans sa série El Rapto de Europa [L’Enlèvement d’Europe, 1958], l’artiste renverse le mythe original sur un mode féministe : ce n’est plus la princesse phénicienne qui est enlevée par Zeus transformé en taureau, mais Europe qui porte le dieu-animal sur ses épaules, comme si elle s’apprêtait à l’offrir en sacrifice. Quelques années plus tard, la réflexion sur la violence envers les femmes réapparaît avec les dessins de figures ligotées de sa série Ella es Comida [Elle est nourriture, 1977] ou sa sculpture La Canilla [Le Robinet, 1986], où un corps démembré est métaphorisé sous la forme d’une chevelure pendante.

Dans les années 1960, M. Paksa participe à l’institut Torcuato di Tella. Sous l’influence des théories de la communication, de la sémiotique, de la dématérialisation de l’objet d’art et de l’expérimentation technologique, elle y réalise des installations comme 500 watts 4535Kc 4,5 C (1967), dont les visiteurs activent des sons à partir de capteurs dans une salle traversée par un faisceau lumineux, ou Comunicaciones [Communications, 1968], où, face à une plateforme pleine de sable où l’on reconnaît l’empreinte de deux corps, les spectateurs peuvent écouter sur un disque d’un côté la monotone description d’un lieu et, de l’autre, les halètements d’un couple en train de faire l’amour. M. Paksa s’intéresse également à la dynamique des jeux et au dualisme gagnant-perdant dans des œuvres comme Partido de Tenis [Partie de tennis, 1967/1997], projetées dans les années 1960 mais réalisées seulement plusieurs dizaines d’années plus tard du fait de difficultés techniques. Elle aborde aussi le thème du temps dans Tiempo de descuento. Cuentaregresiva. La Hora 0 [Temps additionnel. Compte à rebours. L’Heure 0, 1978], œuvre pionnière de la vidéo expérimentale. M. Paksa mène enfin des recherches sur l’écologie, comme dans Sin Título o El Avance Urbano [Sans titre ou L’Étalement urbain, 1996], où une structure d’acier semble menacer d’écraser un carré d’herbe.

Son engagement politique contre les régimes totalitaires et le colonialisme apparaît dans l’exposition Homenaje al Viet-Nam [Hommage au Viet-Nam, 1966) ou l’action collective Tucumán Arde [Tucumán brûle, 1968]. Dans les années 1970, ses Diagramas de Batallas [Diagrammes de batailles] cartographient la violence armée en recensant les soulèvements que connaît alors l’Argentine. Cet engagement se poursuit tout au long de sa vie : elle participe ainsi à des groupes comme le Movimiento por la Reconstrucción y el Desarrollo de la Cultura Nacional au début des années 1980 et produit quelques années plus tard des œuvres qui attaquent directement le modèle néolibéral appliqué en Amérique latine (Poder y Dinero [Pouvoir et argent, 1999]. Pour finir, M. Paksa participe activement aux luttes pour la reconnaissance universitaire de l’éducation artistique, qui aboutissent à la création de l’Institut universitaire national des arts, en Argentine, en 1996.